SNPs检测方法

定义

单核苷酸多态性（ single nucleotide olymorphisms ,SNPs），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性。

SNPs的研究意义

遗传标记

具有已知性、可遗传性、可检测性，用于疾病基因的定位、克隆和鉴定。

基因多态与疾病相关性

研究SNPs 本身对机体的影响，尤其是疾病的易感性、个性化医疗。

SNPs检测方法的分类

1、测序方法：常规测序， Pyrosequencing（焦磷酸测序），微测序（SNaPshot）

2、基于杂交的方法：Taqman 探针法，Microarray 芯片法，

3、引物延伸：MALDI-Tof，dHPLC（变性液相色谱技术）

4、以构象为基础的方法：RFLP，SSCP，DGGE

5、溶解曲线：HRM（高分辨率溶解曲线分析技术）

溶解曲线

1、溶解曲线----HRM技术

步骤：

序列比对---引物设计--- DNA 提取---荧光染料（EvaGreen 或LC green）PCR ---结果分析。

优点：

高通量、简单、快速、省钱、高灵敏度；

闭管检测，避免污染造成的假阳性；

可检测已知和未知SNP；<400bp扩增产物内SNP，灵敏度和度100%。

与传统的扩增后需借助额外的仪器进行凝胶电泳的非均一性的突变检测（例如dHPLC）相比，HRM提供了更高特异性和灵敏度的检测，同时允许了更高的样本检测通量，大大降低了成本。

缺点：

如LightCyclerTM 480 PCR 仪，或LightScanner 等少量仪器可以使用。专业技术要求高，需要专业人员操作。

HRM检测成本构成：

 DNA提取费用；

 PCR反应费用；

 荧光染料Evagreen费用（较低）。

HRM检测SNP特点：

检测成本zui低；

*真正实现高通量的SNP检测方法，人工成本zui低；

*闭管操作，步骤zui少，可靠性*