微生物的应用范围相当广泛，传统上微生物在酒类酿造、食品酦酵和污水处理等方面都扮演重要角色；随着科技发展的脚步，许多由微生物的产品也被一一开发。
微生物产品一般依据其用途来区分，例如：
（1）医药品，包括抗生素、荷尔蒙、疫苗、免疫调节剂、血液蛋白质等；
（2）农业用品，包括家畜用药、微生物肥料、微生物杀虫剂、微生物除草剂等；
（3）特用品和食品添加剂，包括氨基酸、维生素、有机酸、核苷酸等；
（4）大宗化学品和能源产品，包括酒精、甘油、甲烷等；
（5）环保产品：垃圾处理或分解环境污染物质的微生物；
（6）其它产品：有助于金属滤取（bioleaching of metals）的微生物、遗传工程蜘蛛丝蛋白质（genetically engineered spider’s silk proteins）等。
另外也可以将微生物产品依据的来源来分类，例如：
（1）微生物菌体，包括烘焙酵母、菇类、藻类、乳酸酦酵用的种菌（starters）、冬虫夏草、益生菌、改善环境的各种微生物制剂等；
（2）微生物酵素，包括淀粉酶、纤维素酶、蛋白酶、微生物凝乳酶（microbial rennin）、脂肪酶（lipases）、葡萄糖异构酶（glucose isomerase）、青霉素醯化酶（penicillin acylase）、胆固醇氧化酶（cholesterol oxidase）、限制酶（restriction enzymes）等；
（3）微生物代谢物，包括酦酵产物（fermentation products）如酒精、乳酸、丁醇与丙酮等，生长因子（growth factors）如氨基酸、维生素、柠檬酸等，二级代谢产物（secondary metabolites） 如抗生素、生物碱（alkaloids）等；
（4）遗传工程蛋白质，包括人类荷尔蒙如胰岛素（insulin）、生长激素（human growth hormone）；免疫调节剂如干扰素（interferons）、细胞间素（interleukins）；血液蛋白质如凝血因子（blood-clotting factors）、血清白蛋白（serum albumin）、基因重组疫苗如B型肝炎疫苗（hepatitis B vaccine）、猪的狂犬病和下痢疫苗（rabies vaccine and diarrhea vaccine for pigs）；单株抗体（monoclonal antibodies）等。