枯草芽孢杆菌对植物的作用主要体现在以下几个方面：
1、营养和空间位点的竞争
枯草芽孢杆菌的竞争作用主要包括营养竞争和空间位点竞争。可以在植物根际、体表或体内及土壤中快速、大量繁衍和定殖，有效地排斥、阻止和干扰植物病原微生物在植物上的定殖与侵染，从而达到抑菌和防病的效果。
竞争作用的意义：拌种或灌根后，枯草芽孢杆菌能够通过植物导管传导到地上部分而在作物根表、根内、茎部、叶部等部位定殖和繁殖，保护作物根部不受病菌侵染、抑制作物体内病原菌扩散，从而达到防病作用。
2、产生抑菌物质
枯草芽孢杆菌在生长过程中能产生多种具有抑菌、溶菌作用的物质，如枯草菌素、有机酸、抗菌蛋白等等，这些物质可以抑制病原菌的生长和繁殖，甚至破坏细菌结构，杀死病原菌。因此，枯草芽孢杆菌对于重茬病、根腐病、灰霉病等疾病防治效果很好。
杀菌作用：枯草芽孢杆菌在作物根表、根内、茎部、叶部等部位定殖和繁殖过程中，能产生脂肽类和蛋白类等杀菌物质，从而杀死作物病原菌，达到防病效果。
3、增强免疫、促进生长
枯草芽孢杆菌可以分泌活性物质，激活植物防御系统，增强作物的免疫力与抗病性，减轻或消除病原菌对植株的危害。
还可促进多种植物种子、幼苗和根系的生长发育，增强了植物的抗病性，从而间接地减少病害发生。如增加吲哚乙酸等生长素的形成，刺激作物根系发育，增强光合作用。同时将土壤中难吸收的物质转化为易于作物吸收的物质，促进作物对营养物质的吸收利用，提高肥料利用率。
促生作用：枯草芽孢杆菌具有解磷作用，可以将土壤中无效磷转化为能被作物吸收的有效磷，促进作物根系及植株生长，提高了作物的抗病性。
4、诱导植物产生抗性
枯草芽孢杆菌不但能直接抑制植物病原菌，而且能通过诱发植物自身的抗病潜能从而增强植物的抗病性。如水稻纹枯病生防菌枯草芽孢杆菌，能诱导水稻叶鞘细胞抗病相关的酶（POD、PPO和SOD）活性增强，达到抗病效果。
5、改善土壤结构
枯草芽孢杆菌在土壤中形成益生菌环境，促进团粒结构形成，提高土壤保肥保水能力，增加土壤疏松度，促进根系生长。具体表现在，加速养料矿质化，将养分由无效态和缓效态变为有效态和速效态。同时，加速养料腐殖化，分泌植酸酶，降解土壤中大部分的植酸盐；产生生长素，刺激作物生长，提高种子的成活率和出苗率。
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