培养基中的碳、氮比例很重要。若培养基中碳源供应不足时，易引起菌种的过早衰老和自溶；若氮源过多或过少，则会引起菌丝过于旺盛生长或生长缓慢，对菌种培养不利。菌种培养基中的pH值也是影响菌丝生长的重要因素。一般培养基经高压灭菌后会使pH值有所下降，必须经检验后加以调整。调节pH值时，可用石灰澄清液，也可用氢氧化钠或盐酸。在配制培养基时，为了避免沉淀物的生成而造成营养物的损失，应掌握加入各种营养物的顺序。一般应先加入缓冲化合物，溶解后加入主要元素，然后是微量元素，zui后加入维生素等，是前一种营养成份溶解后再加入第二种营养成份。此外，培养基加入糖类时，应采用适当的灭菌方法，因葡萄糖在高压下易被破坏，多糖和双糖也因高温易被水解和变质。
培养基菌种的选择和鉴定方法讨论：
1．待鉴定的培养基菌种一定是纯种
如果菌种不纯，所观察到的现象则是混合现象，这样自然不会得到正确的结果。因此在鉴定之前，首先要将菌种纯化。纯化方法，一般有2种：平板划线单菌落分离法和单细胞分离法。前一种操作简便，效果良好，适用范围广。
2．选一本比较好的培养基鉴定手册
鉴定时以此手册为标准，开展鉴定工作。根据多数人的经验，我们认为在细菌鉴定方面，使用《伯杰氏鉴定细菌学手册》一书较为合适。在具体鉴定时，可参看*微生物研究所细菌分类组编着的《一般细菌常用鉴定方法》一书。在放线菌鉴定方面，可以参看中科院微生物研究所编着的《链霉菌鉴定手册》（1975年）一书。真菌的鉴定可参看中科院微生物研究所编着的《常见与常用真菌》（1973年）一书。荷兰罗德的《酵母的分类研究》（1970年）一书，对酵母菌的分类有很大的实用价值。
3．要有合适的培养基鉴定方法
微生物种类繁多，特征各异，性状有主次之分。因此，在鉴定某种微生物时，要选用合适的鉴定方法，确定主要的测试项目。例如，鉴定的微生物若是霉菌，则菌落形态观察十分重要；若是酵母菌，有性繁殖的方式、特征以及生理生化特征中的糖的发酵和同化，硝酸盐的同化就是主要指标。
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