1．转染试剂
不同细胞培养基转染效率通常不同，但细胞系的选择通常是根据实验的需要，因此在转染实验前应根据实验要求和细胞特性选择适合的转染试剂。每种转染试剂都会提供一些已经成功转染的细胞株列表和文献，通过这些资料可选择实验设计的转染试剂。当然，的是、低毒、方便、廉价的转染试剂。
2．细胞状态
一般低的细胞代数（<50）能确保基因型不变。转染的细胞是经过几次传代后达到指数生长期的细胞，细胞生长旺盛，zui容易转染。细胞培养基在实验室中保存数月和数年后会经历突变，总染色体重组或基因调控变化等而演化。这会导致和转染相关的细胞行为的变化。也就是说同一种系的细胞株，在各实验室不同培养条件下，其生物学性状发生不同程度的改变，导致其转染特性也发生变化。因此，如果发现转染效率降低，可以试着转染新鲜培养的细胞以恢复*结果。
3．转染方法
不同转染试剂有不同的转染方法，但大多大同小异。转染时应跟据具体转染试剂推荐的方法，但也要注意，因不同实验室培养基的细胞性质不同，质粒定量差异，操作手法上的差异等，其转染效果可能不同，应根据实验室的具体条件来确定*转染条件。
（1）细胞培养物
健康的细胞培养物是成功转染的基础。不同细胞有不同的培养基，血清和添加物。高的转染效率需要一定的细胞密度，一般的转染试剂都会有专门的说明。推荐在转染前24 小时分细胞，这将提供正常细胞代谢，增加对外源DNA 摄入的可能。一定要避免细菌，支原体或真菌的污染。
（2）细胞密度
细胞培养基密度对转染效率有一定的影响。不同的转染试剂，要求转染时的zui适细胞密度各不相同，即使同一种试剂，也会因不同的细胞类型或应用而异。转染时过高或者过低的细胞密度会导致转染效率降低，乃至表达水平偏低。因此如果选用新的细胞系或者新的转染试剂，能够进行优化实验并为以后的实验建立一个稳定方法，包括适当的接种量和培养时间等等。阳离子脂质体具有微量的细胞毒性而往往需要更高的铺板密度或者更多的悬浮细胞数，有的要求细胞90%汇片；而有些多胺或者非脂质体的配方则要求在40%-80%之间，总之是尽量在细胞zui适的生理状态下转染，以求*的转染效果。
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